Isaac Beeckman registra puntualmente nel suo «Journal» (1604-1634) i suoi tentativi di interpretare la realtà attraverso i postulati dell'atomismo. Nel contempo egli cerca di conciliare l'atomismo con le esigenze di fondo della dottrina cristiana. Di interesse cruciale è il modo in cui egli legge e discute due poli fondamentali ed opposti della cultura antica: Lucrezio e Galeno. Beeckman esercita la sua critica da un'ottica meccanicistica, arricchita dai nuovi orientamenti fisico-matematici del suo tempo.