Richiamato dalle preghiere, Yaotsu, dio e nemico naturale di Iratus, decide infine di manifestarsi in tutta la sua potenza. Nel frattempo, lo scontro tra il signore dei demoni Jachi e i robot di Machinarium mette in luce quanto questi ultimi siano in grado di adattarsi e di imparare dalle proprie sconfitte, continuando a ripresentarsi ogni volta più forti...