I frati Tommaso da Celano e Giacomo da Bevagna tornano ad Assisi dopo tre anni di missione in Germania per rivedere Francesco, già molto malato. Restandogli accanto negli ultimi due anni di vita, Tommaso avrà l'occasione di incontrare Jacopa, con la quale stringerà un rapporto intenso e sofferto. La morte di Francesco trascinerà l'Ordine in una lotta tra fazioni dominata dalla smisurata personalità di frate Elia, in un vortice di intrighi e tradimenti che coinvolgeranno tre papi e un imperatore: Federico II, legato al mite frate Tommaso da un lontano e tragico evento. Tra fughe sull'Appennino e viaggi in Oriente, erboristi e alchimisti, inganni e segreti inconfessabili, Tommaso dovrà confrontarsi con le scelte di Elia, fino a un esito drammatico e inaspettato, grazie al quale capirà che Bene e Male spesso si confondono, non solo nella mente dei semplici.