L'autonomia collettiva, soprattutto a livello d'azienda, ha assunto nel tempo un ruolo particolarmente rilevante di regolazione di tratti caratterizzanti la flessibilità, che pone però delicati problemi interpretativi. Ci si riferisce al rapporto tra la fonte legale e quella contrattuale ed al rapporto tra i diversi livelli negoziali. Differenti sono le funzioni che la contrattazione aziendale può assumere: una funzione regolativa delegata, una funzione regolativa in deroga, nonché una funzione regolativa non espressamente autorizzata dal legislatore.