La suora scomparsa racconta la storia di Sara, una bambina di nove anni che frequenta la quarta elementare in un istituto gestito da suore. Figlia unica, riflessiva e studiosa, Sara ama l'amicizia e la danza. Ha un rapporto sereno con la madre, ma un legame speciale con il padre e con la sua insegnante, nonché guida spirituale, Suor Marina, una giovane donna dal cuore gentile e dall'entusiasmo contagioso. Al rientro dalle vacanze estive, la bambina si trova ad affrontare un evento che le aprirà prematuramente gli occhi sulla complessità del mondo degli adulti. L'inevitabile attraversamento della "linea d'ombra" che segna il passaggio dall'infanzia alla preadolescenza viene, per Sara, accelerato dalla necessità di confrontarsi con nuove esperienze e impreviste consapevolezze.