I saggi contenuti nella raccolta Ideologia e razionalità sono apparsi tra il 1969 e il 1977 e si impegnano in una serrata interrogazione dello statuto del sapere nelle scienze della vita, in particolare in medicina e in biologia. Alla presunta continuità del tempo rivendicata dallo storico, Canguilhem contrappone le discontinuità evidenziate dall'epistemologo. Nella pratica della disciplina infatti, come già evidenziato da Bachelard, è il "cammino discorsivo" a determinare pregnanza o irrilevanza degli eventi teorici e a discernere tra precursori e pleonasmo storico. Se il primo saggio presenta la nozione di ideologia scientifica, sistema esplicativo non scientifico, sebbene non per questo anti-scientifico, i testi successivi la mettono alla prova. Attraversando il brownismo e l'evoluzionismo di Spencer, passando per l'atomismo e la scoperta del DNA, Canguilhem mostra che la storia delle scienze non è storia di una verità monolitica, bensì "laboratorio dell'epistemologia".