La prima intelligenza artificiale dotata di anima nella storia dell'umanità apre gli occhi non riesce a concepire un motivo per esistere. Così, l'atto iniziale di Omega, questo il suo nome, è quello di togliersi la vita. Intanto, dopo quasi un anno di lontananza, Michele è costretto a rientrare nella sua città natale, il luogo che più odia al mondo. Il motivo del suo ritorno è anche l'unico suo conforto, ossia Monica, la donna che ama. Lei è una delle persone più talentuose del mondo, la cui sola esistenza ha un valore inestimabile per la Commissione dei Geni. L'incontro con Edward ed Emma, i suoi amici d'infanzia, costringerà il giovane ragazzo a fare i conti con il proprio passato, scoprendo così che le persone che pensava di conoscere sono in realtà cambiate. Una fitta matassa di intricati misteri che fonda le sue radici nei trascorsi del ragazzo, si cela tra i vicoli urbani. Dagli esperimenti sulle nano-macchine allo sfruttamento del vessato popolo dei Vermigli, l'umanità intera si trova catapultata davanti alla montagna delle sue colpe, sulla cui vetta risalta un nome: "Progetto Omega", lo stesso in cui anche Monica è coinvolta.