Dopo aver vinto un importante torneo, il giovane X è stato travolto da un'improvvisa fama. Rinchiusosi in casa per sfuggire alla pressione di doversi ripetere, X è costretto a uscire quando due Pokémon leggendari, Xerneas e Yveltal, mettono a ferro e a fuoco la sua città. Non tutti i mali, però, vengono per nuocere: il ragazzo incontra così Y, un'allenatrice che sogna di specializzarsi nelle battaglie aeree. Insieme a un gruppo di altri amici, i due iniziano un avventuroso viaggio nella regione di Kalos, alla ricerca di sempre nuovi potenti Pokémon e in lotta contro il malvagio Team Flare.