A Kyoto prosegue la battaglia per contrastare i piani di conquista dell'invasore statunitense. Intorno a Toshizo Hijikata si è formata la Nuova Armata Scelta allo scopo di proteggere la città dal caos. Anche Gentaro e Shotaro sono della partita e si apprestano ad affrontare nuove sfide nel nome del bushido, la "via del guerriero".