Reggio Emilia, 1501. I giovani fratelli Bebbi, stanchi di assistere in silenzio allo spadroneggiare di Zoboli e Scaioli, non capiscono perché il padre non si opponga, come dovrebbe la longa manu del Duca d'Este. Sentono il dovere di fare ciò che il genitore sdegna: prendere in mano la fazione. La disputa tra Zoboli e Benedettini, tra la zia Badessa a una suora degli Scajoli, offre ai Bebbi l'occasione di farsi valere. La discordia del convento si spande per Reggio e i Bebbi imparano presto che pure le buone azioni si pagano. Tra le cospirazioni sussurrate, una minaccia il Duca Alfonso e i Bebbi dovranno salvarlo, mentre gli Scajoli ambiscono a scalzare gli Zoboli. Con «Il convento della discordia» si consolidano le fazioni che nella saga «Alfieri del Duca» combatteranno per gli Este o il Papa.