In un attimo tutti gli esseri umani si sono trasformati in pietra e anche lo studente delle superiori è rimasto vittima di questo misterioso fenomeno. Tuttavia, molte migliaia di anni dopo... Senku e il suo amico Taiju si risvegliano e decidono di ricostruire la civiltà da zero. Si apre il sipario su un sensazionale racconto di adventure survival science fiction. La corsa attraverso il Sud America alla volta del punto d'origine della pietrificazione conduce i nostri eroi nella grande foresta amazzonica. Cosa si troveranno di fronte Senku e compagni, là dove tutto ha avuto inizio...? Nello "Stone Sanctuary", nascosto nelle profondità dell'Amazzonia, la resa dei conti con Stanley è sempre più vicina.