1855, ultimi anni dell'epoca Tokugawa. Il Giappone sta vivendo un periodo socialmente e politicamente instabile. Due orfanelli, Shotaru Yukimura e Gentaru Yukimura lottano per sopravvivere in questi anni terribili. Unica loro risorsa la spada ereditata dal padre deceduto e le parole pronunciate dalla madre in punto di morte: intraprendere la "via del guerriero", SIDOOH.