Un finale alternativo rispetto a quello narrato nel film the end of Evangelion. Solo Shinji e il Super Evangelion possono fronteggiare Armaros, il gigante nero che, grazie al potere della Lancia di Longinus, sta stritolando la Terra in una morsa gravitazionale. Qual è il vero legame tra il Third Children e lo spaventoso nemico dell'umanità?