Sono passati alcuni anni dalla fine della Guerra di Un Anno, ma i superstiti del Principato di Zeon non hanno rinunciato ai loro propositi di rivalsa. L'asso zeoniano Anavel Gato, conosciuto anche come l'Incubo di Solomon, decide di compiere un'azione eclatante rubando una delle nuove unità Gundam messe a punto dalla Federazione Terrestre... Trascorso più di un anno dalla furiosa battaglia avvenuta nel settore Thunderbolt, Io Flemming e Daryl Lorenz si ritrovano faccia a faccia. Il primo, come membro dell'Operazione Thunderbolt, che ha l'obiettivo di reprimere l'Alleanza dei Mari del Sud, pilota il nuovo modello di mobile suit Atlas Gundam. Il secondo, entrato a far parte dell'Alleanza tradendo il Principato di Zeon, si trova a bordo dello Psycho Zaku. Il duello tra i due rivali si riaccende, coinvolgendo il destino di tutte le persone che li circondano.