Utena Tenjo è una studentessa delle superiori bella e atletica, ma dal carattere e portamento da vero e proprio maschiaccio. Questa sua condotta ha avuto origine durante la sua infanzia, quando rimase profondamente affascinata dall'incontro con un principe misterioso - che la ispirò a tal punto da voler diventare lei stessa un principe. Quando, un giorno, Utena interviene per salvare la taciturna Anthy Hidemiya dai soprusi di uno studente, finisce col venire a conoscenza dell'oscuro segreto custodito dal consiglio studentesco dell'Accademia Otori. Inizia così, per le due fanciulle, un'inattesa concatenazione di eventi da cui non potranno più tornare indietro...