Oltre agli studi dedicati all'amministrazione dello Stato e al tema della continuità delle istituzioni fra fascismo e Repubblica, l'opera di Claudio Pavone rappresenta una pietra miliare nella storiografia sulla Resistenza, per la sua capacità di innovare, con uno sguardo originale, profondo e documentato, l'analisi della guerra di liberazione, dei programmi politici che si confrontarono allora, delle spinte ideali e morali che condussero migliaia di giovani a scegliere di partecipare alla battaglia per liberare l'Italia dall'occupazione nazista e dalla violenza repressiva della Repubblica sociale. L'Istituto nazionale Ferruccio Parri e l'Istituto romano per la storia d'Italia dal fascismo alla Resistenza, cui Pavone ha dedicato molte delle sue energie di studioso e organizzatore culturale, hanno voluto ricordare la sua figura di intellettuale. Dagli archivi all'insegnamento universitario e alla formazione di nuove generazioni di studiosi, dalle riviste agli istituti culturali, all'impegno nell'Istituto della Resistenza, Pavone ha sempre coniugato impegno intellettuale e impegno civile, il rigore del "mestiere di storico" con la riflessione sul "mestiere di cittadino".