Milano, Roma, Napoli, Malta, Siracusa, Messina, forse Palermo e poi di nuovo Napoli. Sono i palcoscenici della vita inquieta, violenta, ma straordinariamente creativa, di un immenso personaggio: Michelangelo Merisi, detto il Caravaggio, figura contorta, rissosa, inquieta, geniale, che ha tratto, proprio da quei luoghi in cui si è immerso e dall'umanità che li ha popolati, linfa vitale per la sua magnifica arte. Luoghi e misteri di Caravaggio inquadra il periodo storico e politico in cui il grande pittore lombardo ha vissuto, e ci porta alla scoperta degli angoli bui, delle strade, dei costumi, delle osterie che ha frequentato con gli amici e le prostitute, dei palazzi di chi lo ha protetto, delle case dove ha abitato, degli ambienti che sono stati teatro delle sue aggressioni e che lo hanno visto protagonista di un'esistenza intensa e irregolare. Un itinerario ricco di misteri che si intreccia, in modo indissolubile, con la sua opera; dalla nascita, e dalla formazione a Milano, all'emigrazione a Roma in cerca di lavoro, in lotta con la povertà, la fame e gli stenti del primo periodo. Poi gli anni sotto l'ala protettiva dei potenti della città papalina, come il Cardinal del Monte e la sua raffinata cerchia intellettuale, fino ai primi successi, ben presto offuscati da denunce, arresti, processi. Infine l'apoteosi - la fama - seguita dalla caduta nel precipizio - il grave fatto di sangue che ha marchiato l'ultima fase della sua vita. Quindi la fuga a Napoli, a Malta, in Sicilia lasciando al suo passaggio capolavori di eccezionale bellezza, ma anche i segnali dello squilibrio che gli sconvolgeva la mente. Fino all'approdo a Porto Ercole, dove la morte lo colse solo e disperato.