Usagi Yojimbo racconta le avventure del coniglio Miyamoto Usagi, un samurai senza padrone. Gli incontri fatti durante il suo pellegrinaggio nel Giappone feudale del XVIII secolo lo porteranno a lavorare occasionalmente come guardia del corpo. Ogni lavoro accettato però è solo l'inizio di un'avventura con cui Usagi potrà fronteggiare ninja, mostri malvagi e creature mitologiche.