I Sette Misteri sono celebri leggende urbane giapponesi legate alla scuola e una delle più note è quella di Hanako, il fantasma di una ragazza che infesta i bagni dell'Accademia Kamome e che, secondo le voci, realizzerà ogni desiderio del fortunato che riuscirà a evocarla. Quando Nene Yashiro tenta l'impresa di scovare Hanako, alla ricerca di aiuto in amore, scopre però che la "ragazza" in realtà è... un ragazzo! La studentessa finisce così coinvolta in un'avventura mistica nella quale, come assistente di Hanako, scoprirà quanto può essere fragile l'equilibrio tra il mondo mortale e quello degli spettri. Nene ritrova finalmente Hanako, da cui era stata seprata a seguito dello scisma fra il mondo dei vivi e quello dei morti. Tuttavia, i sentimenti che i due provano l'uno per l'altra sono così intensi da causare attriti. Nel frattempo, Ko e gli altri subiscono l'improvviso attacco del sesto dei sette misteri scolastici...